蛋白质组学定量技术的发展极大推动了生命科学研究的进步，尤其是在疾病机制探索、生物标志物发现和药物开发领域。作为两种主流的标记型定量方法，iTRAQ（Isobaric Tags for Relative and Absolute Quantitation）和TMT（Tandem Mass Tags）长期以来被广泛应用于复杂样本的定量分析。两者在原理、性能和应用场景上各有特点，如何选择合适的方法，成为科研人员在实验设计初期的重要决策之一。

一、iTRAQ与TMT的基本原理

iTRAQ和TMT技术均采用同位素标记策略，通过在肽段上引入等重标签，使不同样本在一级质谱（MS1）中表现为相同质量，但在二级质谱（MS2）中释放特定的报告离子，实现多样本的相对定量。二者都极大提高了多样本同时分析的效率，且能够兼容复杂生物样本，如组织、细胞和体液。iTRAQ试剂最初提供4-plex（四重标记）版本，后扩展至8-plex；TMT则从6-plex起步，逐步发展到11-plex、16-plex甚至18-plex，极大提升了样本通量。随着质谱仪性能的提升，特别是高分辨率Orbitrap质谱的发展，TMT的高通量优势逐渐得到更多发挥。

二、灵敏度与定量准确性

在灵敏度和定量准确性方面，iTRAQ和TMT表现接近，但也存在细微差异。iTRAQ因较早推广，在早期的质谱平台上积累了丰富的数据和经验，尤其适用于蛋白表达量变化较大的样本。而TMT随着质谱分辨率的提升，表现出在低丰度蛋白检测方面的潜力，特别是在多重标记体系（如TMTpro 16plex）中，能更好地兼顾深度和定量线性。iTRAQ和TMT均存在“比率压缩”（ratio compression）现象，即共碎片干扰导致定量精度下降。这一问题在高复杂度样本中尤为明显，但通过结合高分辨率MS2或MS3策略、优化样品预处理流程，可以有效缓解。

三、多重标记能力与实验设计灵活性

样本通量是选择定量方法时的重要考量因素。TMT凭借其更高的多重标记能力，为大规模比较实验提供了更大灵活性。例如，TMT 16plex允许一次性对16个样本进行并行分析，极大节省了实验时间和仪器资源，适合临床大队列、时间序列研究等高样本量项目。iTRAQ虽然在多重标记数量上稍显逊色，但对于中小规模研究仍然足够。特别是在对比组数较少、对数据一致性要求较高的实验中，iTRAQ依然是一种稳健的选择。

四、数据质量与分析兼容性

两种技术都要求较高水平的前端样品制备标准化，包括蛋白提取、酶解、标记反应和分离纯化过程。质控环节对于确保数据质量至关重要。在数据分析层面，主流质谱数据处理软件（如Proteome Discoverer、MaxQuant、SpectroMine等）均支持iTRAQ和TMT数据处理。TMT近年来在算法优化和数据库匹配方面有较多更新，尤其是对MS3数据的专门支持，进一步提升了定量准确性。此外，TMT因具有更细致的标签设计（例如在TMTpro系列中采用更优化的报告离子排布），在复杂样本分辨率上表现更优，有助于提高蛋白鉴定深度。

五、成本与实验可及性

成本因素在实验方案选择中不可忽视。iTRAQ和TMT的试剂价格相近，均高于无标记（Label-free）定量方法。但考虑到样本通量、数据质量和结果一致性，标记型定量在许多应用场景下仍然具有较高性价比。实际应用中，iTRAQ因其试剂盒在市场上存在时间较长，某些情况下可能更易于采购和管理。而TMT，尤其是高通量版本，如TMTpro 16plex和18plex，虽然单次实验成本更高，但在单位样本成本摊销后，整体投入可能更具优势，尤其适合大规模项目。

六、应用场景比较

根据项目需求的不同，iTRAQ和TMT各有适配优势：

• 生物标志物筛选与验证：TMT因高通量特性，适合处理大规模临床样本
• 基础机制研究：iTRAQ和TMT均可胜任，依据样本量和实验预算灵活选择
• 时间序列研究：TMT在多时间点、多条件实验设计中优势明显
• 细胞或小动物模型研究：iTRAQ在控制批次效应和提高数据一致性方面具有良好表现

iTRAQ与TMT技术各有千秋，选择何种蛋白质定量方法，应基于实验规模、预算、样本特性以及研究目标综合考量。作为生命科学领域可信赖的合作伙伴，百泰派克生物科技始终致力于为客户提供专业、高质量的定量蛋白组分析服务，助力科学探索与产业创新。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

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